Los submarinos civiles suelen ser mucho más pequeños que los militares, porque se debe aprovechar el espacio. Los turísticos suelen funcionar en áreas de recreo tropicales o en otras zonas con aguas claras y buena visibilidad. En su mayoría tienen una capacidad de entre 25 y 50 pasajeros, llegando a efectuar diez o más inmersiones diarias. Su diseño deriva del de los submarinos para investigación, contando con grandes portillas para que los pasajeros disfruten de las vistas y situando sistemas mecánicos importantes fuera del casco para ahorrar espacio interior, a pesar de lo cual éste suele ser escaso. En su mayoría funcionan con baterías eléctricas y son muy lentos.
Para sumergirse o emerger, los submarinos usan los depósitos de proa y popa, llamados depósitos principales, que se abren y se llenan completamente de agua para sumergirse o se llenan de aire a presión para emerger. Durante la inmersión, los depósitos principales suelen permanecer inundados, lo que simplifica su diseño, por lo que en muchos submarinos estos depósitos son simplemente una sección del espacio entre los cascos. Para un control manual más rápido y preciso de la profundidad, los submarinos disponen de unos depósitos más pequeños para el control de profundidad, capaces de soportar presiones más altas. La cantidad de agua en estos depósitos se puede controlar, tanto para responder a cambios en las condiciones exteriores, como para cambiar la profundidad de inmersión. Dichos depósitos pueden situarse cerca del centro de gravedad del submarino, o distribuirse por el buque para evitar que afecten a la escora.
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